Virus itu mula menyerang ladang babi di pinggir bandar Ipoh di Perak dengan berlakunya penyakit pernafasan dan ensefalitis di kalangan babi di mana ia dianggap pertama disebabkan oleh ensefalitis Jepun (JE) kerana 4 sampel serum dari 28 orang yang dijangkiti kawasan yang diuji positif untuk Immunoglobulin M (IgM) khusus JE yang juga disahkan oleh penemuan Pusat Kerjasama Penyakit Tropika Pertubuhan Kesihatan Sedunia (WHO) di Universiti Nagasaki.[1] Sebanyak 15 orang yang dijangkiti meninggal dunia semasa wabak sebelum virus mula merebak ke Sikamat, Kampung Sungai Nipah dan Bukit Pelandok di Negeri Sembilan apabila petani yang terlibat dengan langkah kawalan mula menjual babi yang dijangkiti mereka ke kawasan ini. Ini mengakibatkan lebih 89 orang meninggal dunia akibat daripada 180 orang yang dijangkiti virus itu. Dengan pergerakan lanjut mengenai babi yang dijangkiti, lebih banyak kes muncul di sekitar Daerah Sepang dan Sungai Buloh di Selangor dengan 11 kes dan 1 kematian dilaporkan di kalangan pekerja rumah sakit di Singapura yang telah mengendalikan babi yang dijangkiti diimport dari Malaysia.[1]